Au sein de l’Agenda 21 pour l’eau, des groupes de travail ont été constitués pour traiter de thématiques particulières.
Gestion par bassin versant (AG-IEM) se consacre aux conflits d’objectifs dans la gestion des eaux et au développement de stratégies de gestion intégrée des ressources et systèmes hydriques à l’échelle du bassin versant.
Dialogue Energie hydraulique s’occupe de la gestion des conflits d’intérêts entre usages et impératifs de protection dans le cadre de l’exploitation de la force hydraulique.
Renaturation des eaux (AG-RENAT) est une plateforme d’échanges conçue pour aider les professionnels de tous horizons dans la mise en œuvre des nouvelles dispositions de la loi sur la protection des eaux en ce qui concerne la revitalisation des cours d’eau, les assainissements relatifs à la force hydraulique et l’espace réservé aux eaux.
Entre 2010 et 2014, le groupe de travail « Gestion des infrastructures (AG-INFRA) » a élaboré le « Manuel Gestion des infrastructures« . Depuis 2015, c’est l‘organisation Infrastructures communales OIC qui s’occupe de cette thématique.