Wasser-Agenda 21 ist ein Verein im Sinne von Artikel 60 ff. des ZGB. Das oberste Organ ist die Vereinsversammlung, in welcher jedes Mitglied eine Stimme hat.
Mitglieder von Wasser-Agenda 21 sind juristische Personen sowie Körperschaften des öffentlichen Rechts, die überregional tätig sind und deren Umgang mit dem Wasser eine ihrer wesentlichen Aktivitäten darstellt.